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Quintana Roo es una planicie de origen marino, lo mismo que toda la península de Yucatán de la que forma parte. Bajo su suelo, predominantemente calizo, abundan los ríos subterráneos, que afloran a la superficie de la corteza terrestre dando origen a los cenotes. Estos son cuerpos de agua dulce generalmente rodeados por cavernas, originadas por la erosión del agua sobre la roca. La mayor parte del estado está cubierta por selva baja. Carece de montañas y su Sierra Baja alcanza solamente los 60 metros sobre el nivel del mar. Tiene pocos ríos superficiales y algunas lagunas, entre las que destaca la Laguna de Bacalar o Laguna de los Siete Colores.
Para completar toda esta riqueza geográfica de Quintana Roo están sus 856 km de litorales, de los cuales 700 son bañados por las aguas del mar Caribe. Franjas enormes de arena blanca se ven enmarcadas por una tupida selva esmeralda de un lado, y un mar increíblemente turquesa del otro. Y entre las playas, en la costa hay caletas, acuarios naturales, bahías, áreas naturales protegidas.

Al Caribe Mexicano pertenece parte del segundo arrecife coralino más grande del mundo, el Gran Arrecife Maya. Tiene una longitud total de mil kilómetros, de los cuales 350 pertenecen al estado de Quintana Roo. Se trata de una impresionante formación marina de corales, hábitat de numerosas especies de flora y fauna. En algunos tramos alcanza una asombrosa profundidad, sólo posible gracias a la transparencia de las aguas que permiten la entrada de los rayos solares, indispensables para el crecimiento coralino.